O Liceu de Faro foi criado por Decreto de Sua Majestade a Rainha D. Maria II, em 3 de Janeiro de 1851.

Esteve inicialmente instalado num edifício anexo ao actual seminário diocesano, na Praça D. Francisco Gomes.

Em 1908 passa a ocupar o primeiro edifício expressamente construído para esse fim, edifício onde posteriormente, e após algumas obras de remodelação, se instalaria a actual Escola Secundária Tomás Cabreira. Porque bem cedo aquelas primeiras instalações se revelaram demasiado pequenas para responder aos objectivos do Liceu, iniciou-se em 1943 a construção do que é hoje o actual edifício localizado ao cimo da Avenida 5 de Outubro, no sítio do Alto de Santo António.

A obra, construída para uma população escolar de 700 alunos, foi entregue oficialmente ao Ministério da Educação Nacional a 28 de Abril de 1948, em cerimónia presidida pelo então Ministro da Educação Dr. Fernando Pires de Lima. «Liceu Nacional de Faro» até 1978, no ano seguinte, e em honra ao grande poeta algarvio, foi-lhe atribuído o nome de Escola Secundária João de Deus.